南シナ海を隔てるマレー半島とボルネオ島の東マレーシアから構成し、沿海地帯は平野が多く、内陸部には高密度の熱帯雨林に覆われる高原である。最高峰はサバ州にあるキナバル山で（海抜4101メートル）、赤道に近い。毎年4月から10月までが南西モンスーン、11月から2月までが北東モンスーンの時期である。主な河川はペラ川、パハン川（マレー半島の最も長い川）、ラジャン川（マレーシア全国とサラワク州に最も長い川）と、キナバタンガン川（サバ州の最も長い川）などがある。

マレーシアは北緯7度、東経110度、北はタイ、南はシンガポールと国境を接する。全土の面積は32.975万平方キロメートルである。

マレー半島は北部、中部、南部と東海岸地域などで構成し 東マレーシアはサバ、サラワクに分けられている。